启动子区域的DNA甲基化变化：TCGA数据分析

本文研究了癌症患者和对应正常组织中启动子区域的DNA甲基化变化。使用TCGA数据库中的450k Illumina bead arrays收集DNA甲基化数据。对于每个基因，根据GENCODE注释(v.28)76，将其5'-注释转录本的起始位点周围的±1,000个碱基定义为启动子区域。然后，对于定义的启动子窗口中的所有CpG位点，计算平均启动子甲基化β值，以计算每个基因的平均启动子甲基化水平。为了考虑批次效应，对于每种癌症类型，使用ComBat77，并将样本的板号作为其潜在变量模型的批次变量。对于每个癌症类型中的基因i，我们定义其启动子处的差异性DNA甲基化(dmci)度量为该基因在所有可用于该癌症类型的样本Sc中，肿瘤t(βti)和其对应正常样本t(βni)之间的甲基化信号差异的平均值。