拷贝数率定义：TCGA 数据中的基因拷贝数变异分析

从 TCGA 数据中获取了与基因相关的拷贝数变异 (CNAs) 信息，这些信息是使用 GISTIC2 工具 (版本 75) 识别出来的，并通过 firehose (https://gdac.broadinstitute.org) 下载。我们收集了所有扩增和删除的基因，并去除了 syn1729383 中的超突变样本。我们将某个基因的拷贝数率定义为该基因在一个特定队列中被扩增或删除的次数。与上述分析类似，我们并没有区分扩增和删除，而是将所有类型的拷贝数变异聚合在这个组学特征中，用于分析特定癌症类型。

拷贝数率的定义是指在一个特定的队列中，一个基因被扩增或删除的次数。同时，在这里没有区分扩增和删除，而是将所有类型的拷贝数变异聚合在这个组学特征中。