TCGA数据中基因相关的拷贝数变异分析

从TCGA数据（使用GISTIC2工具75鉴定）中获取与基因相关的CNAs，通过https://gdac.broadinstitute.org从firehose下载。收集了放大和删除的基因，并删除了syn1729383中的超突变样本，我们定义了某一基因的拷贝数率为特定队列中该基因被放大或删除的次数。与上述相同，我们在这里不区分放大和删除，而是将所有类型的CNAs聚合在一个给定癌症类型的这个组学特征中。