TCGA数据库中基因拷贝数变异 (CNAs) 数据获取与分析

本文介绍了如何从TCGA数据库中获取与基因相关的拷贝数变异 (CNAs) 数据。使用GISTIC2工具从https://gdac.broadinstitute.org/ 的firehose中下载了TCGA数据中的基因相关的CNAs。收集了被扩增和被删除的基因，并删除了syn1729383中的超突变样本。我们定义了一个基因的拷贝数率为在特定组中该基因被扩增或删除的次数。与上文类似，此处没有区分扩增和删除，而是将所有类型的CNAs聚合在这个组学特征中。