TCGA数据中基因拷贝数变异率定义

TCGA数据中，通过GISTIC2工具75识别基因相关的拷贝数变异（CNAs），并从firehose网站（https://gdac.broadinstitute.org）下载。拷贝数变异率被定义为在特定队列中，一个特定基因被扩增或删除的次数。该定义适用于TCGA数据中通过GISTIC2工具75识别的基因相关的拷贝数变异（CNAs）。在此定义中，不区分扩增和删除，而是将所有类型的CNAs汇总在这个组学特征中，并删除了syn1729383中的超突变样本。