基因突变频率分析：TCGA 数据预处理及 SNV 频率计算

这段话解释了我们如何从 TCGA 数据库中获得基因突变频率数据，并进行预处理。我们按照 HotNet2 的预处理流程进行操作，并移除了已知的超突变样本。对于每种癌症类型中每个基因的 SNV 频率，我们将其定义为该基因中非沉默 SNV 的数量除以外显子基因长度。值得注意的是，在此分析中，我们没有区分截短型和增益型突变，而是将所有可能影响细胞生长的 SNV 归为一组。