使用Torch Geometric库构建自定义数据集和GCN模型进行图数据分类
这是一个比较复杂的任务,需要先将数据处理成适合使用torch_geometric库的形式,然后定义自定义数据集和GCN模型进行训练和验证。
首先,我们需要导入需要的库:
import os
import pandas as pd
import torch
import torch.nn.functional as F
from torch_geometric.data import Data
from torch_geometric.nn import GCNConv
from torch_geometric.data import DataLoader
然后,我们可以定义一个函数来读取数据并转换成适合使用的形式:
def read_data():
# 读取边数据
edges = pd.read_csv('C:/Users/jh/Desktop/data/raw/edges.csv')
edge_index = torch.tensor(edges.values, dtype=torch.long).t().contiguous()
# 读取特征数据
features1 = pd.read_csv('C:/Users/jh/Desktop/data/raw/features1.csv')
features2 = pd.read_csv('C:/Users/jh/Desktop/data/raw/features2.csv')
features = torch.cat([torch.tensor(features1.values), torch.tensor(features2.values)], dim=1)
# 读取标签数据
labels = pd.read_csv('C:/Users/jh/Desktop/data/raw/label.csv')
labels = torch.tensor(labels.values, dtype=torch.long).squeeze()
return edge_index, features, labels
接下来,我们可以定义自定义数据集类MyDataset:
class MyDataset(torch.utils.data.Dataset):
def __init__(self, edge_index, features, labels, train_mask):
self.edge_index = edge_index
self.features = features
self.labels = labels
self.train_mask = train_mask
def __len__(self):
return len(self.features)
def __getitem__(self, index):
x = self.features[index]
y = self.labels[index]
edge_mask = self.train_mask[index]
edge_index = self.edge_index[:, edge_mask]
data = Data(x=x, edge_index=edge_index, y=y)
return data
在上面的代码中,MyDataset类接受边数据edge_index,特征数据features,标签数据labels和训练集的掩码train_mask作为输入。__getitem__方法根据索引返回一个Data对象,该对象包含特征、边索引和标签。
接下来,我们可以定义一个GCN模型:
class GCN(torch.nn.Module):
def __init__(self, num_features, num_classes):
super(GCN, self).__init__()
self.conv1 = GCNConv(num_features, 16)
self.conv2 = GCNConv(16, num_classes)
def forward(self, data):
x, edge_index = data.x, data.edge_index
x = self.conv1(x, edge_index)
x = F.relu(x)
x = F.dropout(x, training=self.training)
x = self.conv2(x, edge_index)
return F.log_softmax(x, dim=1)
在上面的代码中,我们定义了一个简单的GCN模型,包含两个GCN层。输入的特征维度为num_features,输出的类别数为num_classes。
接下来,我们可以定义训练和验证函数:
def train(model, loader, optimizer):
model.train()
for data in loader:
optimizer.zero_grad()
out = model(data)
loss = F.nll_loss(out[data.train_mask], data.y[data.train_mask])
loss.backward()
optimizer.step()
def test(model, loader):
model.eval()
correct = 0
total = 0
for data in loader:
out = model(data)
_, predicted = torch.max(out[data.test_mask], 1)
total += len(data.y[data.test_mask])
correct += (predicted == data.y[data.test_mask]).sum().item()
accuracy = correct / total
return accuracy
在上面的代码中,train函数用于训练模型,接受模型、数据加载器和优化器作为输入。test函数用于验证模型,接受模型和数据加载器作为输入,并返回准确率。
最后,我们可以将上述代码组合起来,并使用for循环遍历每张图片的图数据进行训练和验证:
if __name__ == '__main__':
edge_index, features, labels = read_data()
train_mask = torch.cat([torch.tensor([True] * 16), torch.tensor([False] * 4)])
dataset = MyDataset(edge_index, features, labels, train_mask)
loader = DataLoader(dataset, batch_size=1, shuffle=True)
num_features = features.size(1)
num_classes = torch.max(labels) + 1
model = GCN(num_features, num_classes)
optimizer = torch.optim.Adam(model.parameters(), lr=0.01)
for epoch in range(10):
train(model, loader, optimizer)
accuracy = test(model, loader)
print(f'Epoch: {epoch+1}, Accuracy: {accuracy}')
在上述代码中,我们首先读取数据,然后创建MyDataset对象和数据加载器。接着,我们定义了GCN模型和优化器,并使用for循环进行训练和验证。
请注意,上述代码只是一个示例,具体的实现可能会根据数据的具体形式和任务的要求进行调整。
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