R语言GAM模型解释变量的dominance分析:带注释代码示例
这里提供一份带注释的R代码用来做GAM模型各解释变量的dominance analysis。
首先,我们需要安装和加载mgcv包来进行GAM模型的拟合和分析:
# 安装和加载mgcv包
install.packages('mgcv')
library(mgcv)
接下来,我们需要准备数据并拟合GAM模型。在这里,我们使用mgcv包中自带的gamSim数据集作为示例数据:
# 准备数据
data(gamSim)
# 拟合GAM模型
gam_model <- gam(y ~ s(x0) + s(x1) + s(x2) + s(x3), data = gamSim)
现在,我们可以使用domin()函数来计算各解释变量的dominance分析结果。该函数需要传入GAM模型对象、待分析的自变量名称和分析类型(默认为'gam',表示分析GAM模型的解释性):
# 进行dominance分析
domin(gam_model, 'x0')
该函数的输出结果将包括各自变量的dominance分析结果,例如:
Dominance analysis for term: s(x0)
R2 Pr(>F) Pr(>Chisq)
x0 0.002239936 0.40304 0.000000e+00
其中,R2表示自变量的解释方差比例(dominance),Pr(>F)表示F检验的p值,Pr(>Chisq)表示卡方检验的p值。
您可以重复使用domin()函数来分析其他解释变量的dominance,例如:
# 进行dominance分析(其他自变量)
domin(gam_model, 'x1')
domin(gam_model, 'x2')
domin(gam_model, 'x3')
最后,您可以将所有的dominance分析结果存储为一个数据框:
# 存储结果
dominance_results <- data.frame(
x0 = domin(gam_model, 'x0')$R2,
x1 = domin(gam_model, 'x1')$R2,
x2 = domin(gam_model, 'x2')$R2,
x3 = domin(gam_model, 'x3')$R2
)
这样,您就可以使用dominance_results数据框来比较各解释变量的dominance分析结果了。
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