Rosetta酶设计: 如何在resfiles中实现随机残基组合

本文介绍如何在Rosetta的resfiles中添加类似'C(12,4)'的语句, 以实现从给定的12个残基中随机挑选4个残基进行组合, 从而进行酶设计。

原始resfiles示例:

46 A PIKAA 169 A PIKAA 170 A PIKAA ...426 A ALLAA

修改步骤:

将残基编号列表单独成行: 将原始resfiles中需要进行组合的残基编号提取出来, 放在单独的行中, 如下所示:

46 169 170 180 310 321 323 346 347 416 421 424 426
添加C(n,k)语句: 在resfiles中添加以下语句, 以表示从12个残基中随机挑选4个残基进行组合:

C(12,4) 其中: * C(n,k)表示从n个元素中随机选取k个元素进行组合; * 12代表需要进行组合的残基总数; * 4代表每次组合选取的残基个数.
保存并使用修改后的resfiles: 保存修改后的resfiles文件, 并将其用于Rosetta的酶设计流程中.

最终效果:

完成以上步骤后, Rosetta将会从指定的12个残基中随机选择4个残基进行组合, 并应用到酶设计过程中.