MeQA和MeDUSE：一站式甲基化测序数据分析软件

为了填补这一空白，2012年Huang和WilsonGA先后开发了一站式分析软件MeQA[88]和MeDUSE[89]，它们主要用于上游对原始测序输出文件FASTQ和比对结果的质控分析。这样可以减少准备数据和分别运行其他测序或质量控制程序的时间，并避免引入处理错误。MeQA和MeDUSE同时包含上游分析A部分和下游分析B部分。A部分用于通用FASTQ数据序列质量控制、BWA比对以及比对后的质控。B部分则用于评估read分布和全基因组DNA覆盖情况，并进行DMR分析。