gmx -nbox 命令参数详解：如何生成模拟盒子

‘gmx -nbox’ 命令用于生成一个新的模拟盒子。以下是可接在该命令后的参数说明：

1. ‘-cp’：指定输入文件，表示从一个已有的模拟盒子生成一个新的模拟盒子。

2. ‘-o’：指定输出文件，表示将生成的新模拟盒子保存到指定的文件中。

3. ‘-box’：指定盒子大小，格式为‘X Y Z’，表示模拟盒子在三个方向的长度。

4. ‘-density’：指定密度，格式为‘number/unit’，表示模拟盒子的密度。

5. ‘-solvent’：指定溶剂，表示在生成的模拟盒子中加入溶剂分子。

6. ‘-ur’：指定随机数种子，表示生成新模拟盒子时使用的随机数种子。