Python 合并多个 FASTA 文件,保留 ID 号
以下 Python 代码示例可用于合并一个文件夹下多个 FASTA 序列文件,并保留各自的 ID 号,不修改里面的内容:
import os
# 设置工作目录和合并后的文件名
work_dir = './fasta_files'
merge_file = 'merged.fasta'
# 打开合并后的文件并写入内容
with open(merge_file, 'w') as outfile:
# 遍历文件夹中的所有fasta文件
for filename in os.listdir(work_dir):
if filename.endswith('.fasta'):
# 打开每个fasta文件并逐行写入
with open(os.path.join(work_dir, filename), 'r') as infile:
for line in infile:
outfile.write(line)
注意:该代码仅适用于 FASTA 文件中每个序列都以 '>' 开头的情况。如果 FASTA 文件中序列的格式不同,可能需要根据实际情况进行修改。
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