Python Biopython 合并fasta文件并保持原格式
可以使用SeqIO.write函数的wrap参数来设置每行的长度,保持和原来一样的格式。
修改后的代码如下:
from Bio import SeqIO
import os
folder_path = './MC' # 文件夹路径
output_file = 'MC1.fasta' # 合并后的fasta文件名
sequences = [] # 初始化序列列表
# 遍历文件夹下的所有fasta文件
for file_name in os.listdir(folder_path):
if file_name.endswith('.fasta'):
file_path = os.path.join(folder_path, file_name) # 构造文件路径
# 读取fasta文件
with open(file_path, 'r') as f:
for record in SeqIO.parse(f, 'fasta'):
sequences.append(record) # 将读取的序列添加到序列列表
# 将所有序列写入输出文件中
with open(output_file, 'w') as f:
SeqIO.write(sequences, f, 'fasta', wrap=70) # 设置每行长度为70
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