GROMACS 模拟计算速度信息查看方法 - md.log 文件分析

在 GROMACS 的输出文件 md.log 中查看计算速度信息，可以使用文本编辑器打开该文件，并搜索关键词 'Performance' 或 'Performance summary'。这些关键词通常出现在文件结尾处，指示模拟运行的总时间、平均每步模拟所需的时间、每个处理器核心的计算速度等信息。以下是一个示例输出：

Performance summary: 11499.1672 19513.0584 12706.7855 87.5980 147.7787 96.1167 (ns/day) 1.000 Performance per node: 87.5980 147.7787 96.1167 (ns/day) 1.000

在上面的示例中，每个处理器核心的计算速度为 87.5980，147.7787 和 96.1167 ns/day，平均每步模拟所需的时间为 11499.1672，19513.0584 和 12706.7855 秒，同时显示了每个节点的性能摘要。