分子动力学模拟：深入了解原子和分子运动

分子动力学 (Molecular Dynamics, MD) 是一种计算方法，用于模拟分子系统中原子或分子的运动。MD 方法基于牛顿力学，通过数值积分求解分子的运动方程，计算系统在时间上的演化。它可以模拟分子间相互作用、热力学性质和动力学过程，如扩散、反应、振动等。

MD 方法需要给定分子系统的初始状态，包括粒子的位置、速度和相互作用势能。通过计算每个粒子受到的力和加速度，可以更新粒子的位置和速度。MD 方法可以用于研究分子的结构、稳定性、动态性质和反应机理等。

MD 方法广泛应用于化学、物理、材料科学、生物学等领域。它可以用于设计新的药物、材料和催化剂，研究生物大分子的功能和折叠过程，以及模拟材料的物理性质和行为。