Blastn本地建库命令详解

以下是一个blastn本地建库的命令示例：

makeblastdb -in input.fasta -dbtype nucl -out output_db

其中：

• 'makeblastdb'是建库命令；
• '-in input.fasta'指定输入文件，这里假设为FASTA格式的核酸序列文件；
• '-dbtype nucl'指定建库类型为核酸序列；
• '-out output_db'指定输出库的名字为output_db。

建库完成后，可以使用blastn命令进行本地比对。例如：

 blastn -query query.fasta -db output_db -out output.txt

其中：

• 'blastn'是比对命令；
• '-query query.fasta'指定查询序列的文件名，这里假设为FASTA格式的文件；
• '-db output_db'指定要比对的数据库名字；
• '-out output.txt'指定比对结果的输出文件名。