Blastp 本地比对命令详解

Blastp 是 NCBI 提供的用于进行蛋白质序列比对的工具，可以用于识别序列之间同源关系。本文将详细介绍 Blastp 本地比对命令的使用方法，帮助用户进行蛋白质序列比对分析。

命令格式

blastp -query input.fasta -db database.fasta -out output.txt -evalue 1e-5 -outfmt '6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore'

参数解释

-query input.fasta: 查询序列文件，格式为 FASTA。
-db database.fasta: 比对数据库文件，格式为 FASTA。
-out output.txt: 输出结果文件。
-evalue 1e-5: E 值阈值，表示比对结果的显著性。
-outfmt '6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore': 输出格式，'6' 表示使用 tabular 格式，后面列出的字段分别表示：
- qseqid: 查询序列 ID
- sseqid: 比对序列 ID
- pident: 比对序列的相似度百分比
- length: 比对序列的长度
- mismatch: 不匹配碱基数
- gapopen: 序列间空隙数
- qstart: 查询序列的起始位置
- qend: 查询序列的结束位置
- sstart: 比对序列的起始位置
- send: 比对序列的结束位置
- evalue: E 值
- bitscore: 比对得分

示例代码

假设查询序列文件为 input.fasta，数据库文件为 database.fasta，则可以使用以下命令进行比对：

blastp -query input.fasta -db database.fasta -out output.txt -evalue 1e-5 -outfmt '6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore'

该命令会将比对结果输出到 output.txt 文件中。

总结

本文介绍了 Blastp 本地比对命令的使用方法，包括命令参数解释和示例代码。希望对用户进行蛋白质序列比对分析有所帮助。