根据vsearch文档,sintax_cutoff的默认值为0.8,即将序列与参考序列的相似度阈值设为0.8。如果需要更严格的过滤,可以将该值设为更高的值,如0.9或更高;如果需要更宽松的过滤,可以将该值设为更低的值,如0.7或更低。具体的设定需要根据实验需要和数据质量来确定。

vsearch sintax_cutoff参数设置指南 - 优化您的序列比对

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