Rosetta 错误：'Pose has no jumps!' 解决方法

在使用 Rosetta 进行配体对接时，可能会遇到以下错误：

ERROR: Pose has no jumps!
ERROR:: Exit from: src/protocols/ligand_docking/LigandBaseProtocol.cc line: 333
protocols.jd2.JobDistributor: [ ERROR ] 

[ERROR] Exception caught by JobDistributor for job 1wcg_input_0001

[ ERROR ]: Caught exception:


File: src/protocols/ligand_docking/LigandBaseProtocol.cc:333
[ ERROR ] UtilityExitException
ERROR: Pose has no jumps!

该错误通常表示配体和受体之间没有连接点。

如何解决

**确认配体和受体之间是否有连接点。**可以使用 Pymol 或其他分子可视化软件查看分子结构，或者使用 Rosetta 的 JumpAnalyzer 工具来确定连接点。
**如果连接点不存在，则需要手动添加连接点。**可以使用 Pymol 或其他分子可视化软件来确定连接点的位置，并使用 Rosetta 的 JumpMaker 工具来添加连接点。

详细说明

如何添加连接点

添加连接点需要使用 Rosetta 的 JumpMaker 工具。以下是添加连接点的步骤：

**确认连接点的位置。**可以使用 Pymol 或其他分子可视化软件来确定连接点的位置。
在 Rosetta 中打开 PDB 文件，并使用 JumpAnalyzer 工具来确定连接点的编号。 JumpAnalyzer 会输出连接点的编号和坐标。
在 Rosetta 中运行 JumpMaker 工具，使用连接点的编号和坐标来添加连接点。 JumpMaker 会生成一个新的 PDB 文件，其中包含连接点信息。
使用新的 PDB 文件进行后续的 Rosetta 计算。

以下是使用 JumpMaker 工具添加连接点的命令：

$ rosetta_scripts.linuxgccrelease -s input.pdb -parser:protocol jump_maker.xml -out:file:output.pdb

其中，input.pdb 是原始的 PDB 文件，jump_maker.xml 是包含 JumpMaker 协议的 XML 文件，output.pdb 是生成的新的 PDB 文件。