Rosetta JumpDefinition 命令详解：如何在PDB文件中使用

Rosetta JumpDefinition 命令详解：如何在PDB文件中使用

JumpDefinition 是 Rosetta 软件中用于定义蛋白质结构中不同部分之间连接关系的命令。它通常在PDB文件中使用，用于指定两个残基之间的跳跃连接。

JumpDefinition 命令格式：

JumpDefinition my_pose A 10 CA B 20 CA

参数解释：

• my_pose: 这是一个占位符，实际应用中不需要修改。
• A & B: 表示两个不同链的标识符，例如A链、B链等。
• 10 & 20: 表示对应链上的残基编号。
• CA: 表示连接点的原子类型，这里使用的是α-碳原子。

使用方法：

将 JumpDefinition 命令直接添加到 PDB 文件中需要定义连接关系的残基位置即可。

示例：

假设需要在PDB文件中定义链A中第10个残基的α-碳原子与链B中第20个残基的α-碳原子之间存在连接关系，则可以使用以下命令：

JumpDefinition my_pose A 10 CA B 20 CA

注意：

• JumpDefinition 命令必须添加到PDB文件中对应残基信息的末尾。
• 确保连接点原子类型的选择与实际情况相符。

希望本教程能够帮助您理解和使用Rosetta中的JumpDefinition命令。