Pymol JumpDefinition 命令：定义蛋白质跳跃起点和终点

Pymol JumpDefinition 命令：定义蛋白质跳跃起点和终点

JumpDefinition my_pose A 10 CA B 20 CA 是一个用于定义蛋白质结构中跳跃起点的 Pymol 命令。

命令参数说明

• my_pose: 跳跃的名称，可以自定义。
• A: 起始氨基酸残基标识符。
• 10: 起始氨基酸残基编号。
• CA: 起始跳跃点的原子类型，此处为 α 碳原子。
• B: 终止氨基酸残基标识符。
• 20: 终止氨基酸残基编号。
• CA: 终止跳跃点的原子类型，此处为 α 碳原子。

使用方法

1. 打开 Pymol 软件，加载需要处理的 pdb 文件。
2. 在命令行窗口中输入上述命令，按回车键执行。
3. Pymol 会自动在 3D 视图中显示跳跃的起点和终点，方便用户进行后续的分析和操作。

示例

例如，如果需要定义从残基 10 的 α 碳原子到残基 20 的 α 碳原子的跳跃，可以在 Pymol 的命令行窗口中输入以下命令：

JumpDefinition my_pose A 10 CA B 20 CA

执行完命令后，Pymol 会自动在 3D 视图中显示出跳跃的起点和终点，如下图所示：

总结

JumpDefinition 命令是 Pymol 中一个强大的工具，可以帮助用户定义蛋白质结构中的跳跃起点和终点，并进行更深入的分析和可视化。