Rosetta 蛋白质-配体对接命令详解

本篇内容将解析以下 Rosetta 命令，该命令用于执行蛋白质与小分子的对接操作：

/media/sun/yingpan/linux/rosetta_bin_linux_2021.16.61629_bundle/main/source/bin/ligand_dock.linuxiccrelease @FLAGS.txt -in:file:s input/jnk_pp_1_001.pdb -out:path:pdb work/jnk_pp_1_001/1 -run:seed_offset 1 -out:suffix _1

命令拆解：

/media/sun/yingpan/linux/rosetta_bin_linux_2021.16.61629_bundle/main/source/bin/ligand_dock.linuxiccrelease：
- 指定 Rosetta 程序的路径，请根据实际安装路径修改。
- ligand_dock.linuxiccrelease 是用于进行配体对接的 Rosetta 程序。
@FLAGS.txt：
- 使用'@'符号引入外部文件 'FLAGS.txt'，该文件包含 Rosetta 程序运行所需的具体参数。
- 建议详细了解每个参数的含义，以便根据实际需求进行调整。
-in:file:s input/jnk_pp_1_001.pdb：
- 指定输入的蛋白质结构文件路径和文件名。
- -in:file:s 表示输入文件类型为 PDB 格式。
- input/jnk_pp_1_001.pdb 是输入文件的路径和名称，请根据实际情况修改。
-out:path:pdb work/jnk_pp_1_001/1：
- 指定输出文件的路径和文件名前缀。
- -out:path:pdb 表示输出文件类型为 PDB 格式。
- work/jnk_pp_1_001/1 是输出文件路径和名称前缀，请根据实际情况修改。
-run:seed_offset 1：
- 指定随机数种子的偏移量。
- Rosetta 使用随机数种子来控制模拟过程中的随机性，设置不同的种子可以获得不同的结果。
-out:suffix _1：
- 指定输出文件名后缀。
- 本例中，输出文件将以 '_1' 结尾，例如：work/jnk_pp_1_001/1_1.pdb。

总结:

这条命令的作用是对给定的蛋白质结构 jnk_pp_1_001.pdb 与小分子进行对接，并将对接后的结构文件输出到指定路径。请根据你的实际情况修改文件路径、程序路径、参数文件以及输出文件名称等信息。