基于RdRp基因序列的猪肠病毒进化分析

本研究选择了两个具有代表性的猪肠病毒(PEV)毒株，CH-PW12和CH-PW20，并测定了这些病毒的完整RdRp基因序列。测序结果显示，这两个毒株的RdRp-nt序列具有99.1%的同源性，而预测的氨基酸序列完全一致。为了研究这两个毒株的进化地位，我们将它们与GenBank中的22个代表性PEV毒株和12个其他小核糖核酸病毒进行了系统发育分析。

基于核苷酸和预测的氨基酸序列构建的系统发育树显示，PEV可分为三个进化群。其中一个毒株(CH-PW12)被归类到包含PEV-9、PEV-10和PEV-J10的进化群中，而另一个毒株(CH-PW20)则形成了一个与PEV-9亲缘关系较远的新的亚群。

本研究结果揭示了PEV新的遗传多样性，并为PEV的分类和进化研究提供了新的依据。 (图2和图3分别展示了基于核苷酸和氨基酸序列构建的系统发育树)