快速优化蛋白质结构：使用 Rosetta 的 FastRelax 脚本

以下是一个使用 Rosetta 的 relax 模块进行蛋白质结构快速优化的 FastRelax 脚本：

#!/bin/bash

# 设置 Rosetta 的路径
ROSETTA_PATH='/path/to/rosetta'

# 设置输入文件和输出文件名
INPUT_PDB='input.pdb'
OUTPUT_PDB='output.pdb'

# 运行 relax 模块
$ROSETTA_PATH/main/source/bin/relax.default.linuxgccrelease \
-in:file:s $INPUT_PDB \
-out:file:o $OUTPUT_PDB \
-relax:fast \
-relax:constrain_relax_to_start_coords \
-relax:coord_constrain_sidechains \
-relax:ramp_constraints false \
-nstruct 1 \
-ignore_unrecognized_res \
-ex1 \
-ex2 \
-use_input_sc \
-default_max_cycles 200 \
-score:weights talaris2014 \
-score:patch disulfides

解释：

• ROSETTA_PATH：Rosetta 的安装路径，需要根据实际情况进行修改。
• INPUT_PDB：输入的蛋白质结构文件名。
• OUTPUT_PDB：输出的蛋白质结构文件名。
• relax:fast：使用快速 relax 模式，加速优化过程。
• relax:constrain_relax_to_start_coords：将优化过程限制在输入结构的坐标范围内。
• relax:coord_constrain_sidechains：对侧链进行坐标限制，避免过度优化。
• relax:ramp_constraints false：禁用约束的逐渐放松，加速优化过程。
• nstruct 1：只生成一个输出结构。
• ignore_unrecognized_res：忽略未识别的氨基酸残基。
• ex1 和 ex2：使用扩展的 rotamer 库，提高优化效果。
• use_input_sc：使用输入结构的侧链构象作为起点。
• default_max_cycles 200：设置最大的优化循环次数，避免过度优化。
• score:weights talaris2014：使用 Talaris2014 打分函数。
• score:patch disulfides：启用二硫键打分函数。