Rosetta快速弛豫蛋白质结构脚本(无需ResidueTypeRestriction)

Rosetta快速弛豫蛋白质结构脚本 (无需ResidueTypeRestriction)

本脚本使用PyRosetta对蛋白质结构进行快速弛豫，无需使用ResidueTypeRestriction选项。

#!/usr/bin/env python

import argparse
from pyrosetta import *

# 解析命令行参数
parser = argparse.ArgumentParser(description='对蛋白质结构进行快速弛豫')
parser.add_argument('-s', '--structure', required=True, help='输入PDB文件')
parser.add_argument('-o', '--output', required=True, help='输出PDB文件')
args = parser.parse_args()

# 初始化PyRosetta
init()

# 加载输入结构
pose = pose_from_pdb(args.structure)

# 创建FastRelax对象
fr = protocols.relax.FastRelax()

# 设置评分函数
scorefxn = get_fa_scorefxn()
fr.set_scorefxn(scorefxn)

# 弛豫结构
fr.apply(pose)

# 输出弛豫后的结构
pose.dump_pdb(args.output)

使用方法:

1. 确保已安装PyRosetta。
2. 将脚本保存为Python文件 (例如，fast_relax.py)。
3. 在命令行中使用以下命令运行脚本:

python fast_relax.py -s 输入.pdb -o 输出.pdb 

将 输入.pdb 替换为您的输入PDB文件，将 输出.pdb 替换为所需的输出文件名。

注意: 本脚本不包含 ResidueTypeRestriction 选项。