Rosetta蛋白质设计: relax 命令详解及参数设置指南

本文将详细解读Rosetta蛋白质设计软件中的 relax 命令行指令，帮助你了解如何使用该命令进行结构松弛操作。

以下是 relax 命令的基本格式以及常用参数解释：

~rosetta/bin/relax.linuxiccrelease -database <rosetta_database_path> -s <pdb.pdb> -constraints:cst_fa_file <coord_csts.cst> -extra_res_fa <lig.params> -constrain_relax_to_start_coords -ex1 -ex2 -ignore_unrecognized_res -use_input_sc -correct -no_his_his_pairE -score::hbond_params correct_params -lj_hbond_hdis 1.75 -lj_hbond_OH_donor_dis 2.6 -linmem_ig 10 -nblist_autoupdate true -no_optH false -flip_HNQ

参数详解：

-database <rosetta_database_path>: 指定Rosetta数据库的路径。
-s <pdb.pdb>: 指定输入的PDB文件。
-constraints:cst_fa_file <coord_csts.cst>: 指定约束条件文件的路径，用于限制原子运动。
-extra_res_fa <lig.params>: 指定额外的氨基酸参数文件的路径，例如添加配体或非天然氨基酸等。
-constrain_relax_to_start_coords: 指定在relax过程中保持起始坐标的约束，避免结构漂移过大。
-ex1 -ex2: 指定在relax过程中使用哪些能量项，例如范德华力、静电力等，可以通过组合不同的能量项来控制结构优化的方向。
-ignore_unrecognized_res: 忽略PDB文件中未识别的氨基酸残基，避免程序报错。
-use_input_sc: 使用输入PDB文件中的侧链构象，而不是Rosetta默认的构象库。
-correct: 使用修正后的氢键参数，提高氢键计算的准确性。
-no_his_his_pairE: 不计算组成组氨酸之间的氢键能量，避免过度优化。
-score::hbond_params correct_params: 使用修正后的氢键参数计算能量，与 -correct 参数配合使用。
-lj_hbond_hdis 1.75: 指定氢键和范德华力的距离截断值，用于控制计算范围。
-lj_hbond_OH_donor_dis 2.6: 指定氢键中氧原子和氢原子的距离截断值，用于控制氢键的几何形状。
-linmem_ig 10: 指定内存使用的限制，单位为GB，避免程序占用过多内存导致崩溃。
-nblist_autoupdate true: 指定是否自动更新邻居列表，提高计算效率。
-no_optH false: 指定是否优化氢原子的位置，默认情况下会优化氢原子位置。
-flip_HNQ: 翻转组氨酸残基中的氢原子，使其处于能量更优的状态。

总结:

relax 命令是Rosetta蛋白质设计软件中常用的结构优化工具，通过调整不同的参数可以控制结构优化的方向和程度。建议在使用 relax 命令之前，先仔细阅读官方文档，了解每个参数的具体含义和使用方法，以便更好地完成蛋白质设计任务。