Rosetta 蛋白质设计软件命令行参数解析：突变设计与配体设计

这是一个 Rosetta 蛋白质设计软件的命令行参数和配置文件，用于进行蛋白质的突变设计和配体的设计。其中：

• '-database <rosetta_database_path>' 指定 Rosetta 数据库的路径。
• '-nstruct 10' 指定进行 10 次设计实验。
• '-jd2:ntrials 1' 指定每次实验只进行 1 次试验。
• '-s <input.pdb>' 指定输入的蛋白质结构文件。
• '-parser:protocol <make_mutation.xml>' 指定设计过程中使用的协议文件。
• '–extra_res_fa <ligand.params>' 指定配体的参数文件。
• '@make_mutation.flags' 指定其他的命令行参数和配置文件。

其中一些重要的参数包括：

• '-run::preserve_header' 保留输入文件的头部信息。
• '-enzdes::minimize_ligand_torsions 5.0' 设定配体的扭转角度最小化步长为 5.0。
• '-enzdes::detect_design_interface' 检测设计接口。
• '-score:weights ~/rosetta_database/scoring/weights/enzdes.wts' 指定评分函数的权重文件。
• '-packing::use_input_sc' 使用输入的侧链构象。
• '-packing::extrachi_cutoff 1' 设定允许额外的侧链构象数目为 1。
• '-packing::ex1 -packing::ex2' 设定允许进行 1 级和 2 级的侧链构象优化。
• '-no_optH false' 允许氢原子的优化。
• '–correct' 使用修正后的氢键参数。
• '-no_his_his_pairE' 不考虑组氨酸之间的氢键相互作用能量。
• '-score::hbond_params correct_params' 使用修正后的氢键参数。
• '-nblist_autoupdate' 自动更新非键连接列表。
• '-lj_hbond_hdis 1.75' 设定氢键中氢和受体之间的距离为 1.75 埃。
• '-lj_hbond_OH_donor_dis 2.6' 设定氢键中氢和给体之间的距离为 2.6 埃。

这些参数和配置文件用于指导 Rosetta 进行蛋白质的设计和评估。