Rosetta蛋白质设计: 使用碎片生成和质量评估优化蛋白质设计流程

Rosetta蛋白质设计: 使用碎片生成和质量评估优化蛋白质设计流程

这段代码展示了如何在Rosetta蛋白质设计软件中进行蛋白质设计，并通过生成和评估蛋白质片段来优化设计流程。

步骤解析:

1. 序列提取:

   /path/to/script/getFastaFromCoords.pl -p <design.pdb> -chain A > design.fasta
   

   • 从设计蛋白质的PDB文件(design.pdb)中提取目标蛋白链(这里指定为A链)的氨基酸序列，并将序列保存到design.fasta文件中。

2. PDB文件清理:

   sed -i -e '/DIG/d' $2.pdb
   

   • 从设计的蛋白质PDB文件中删除包含' DIG'的行，这可能是为了清除一些特殊标记或不需要的信息。

3. 片段生成:

   /path/to/script/make_fragments.9and3.pl -verbose -nocleanup design.fasta -id <scaffold_pdb_code> -xx aa -nohoms
   

   • 根据design.fasta中的蛋白质序列生成9个氨基酸和3个氨基酸长度的蛋白质结构片段。
   • -id <scaffold_pdb_code>指定了用作参考的模板蛋白质的PDB ID。
   • -xx aa指定生成的片段文件名前缀为'aa'。
   • -nohoms表示不使用同源序列来生成片段。

4. 片段文件名列表:

   ls aa* > list.txt
   

   • 将所有以'aa'开头的文件名(即生成的片段文件)列出来，并保存到list.txt文件中。

5. 片段质量评估:

   /path/to/rosetta/rosetta_source/bin/r_frag_quality2.static.linuxgccrelease -database /path/to/rosetta_database/ -in:file:native <scaffold.pdb> -s <design.pdb> -frags list.txt
   

   • 使用Rosetta的r_frag_quality2程序评估生成的蛋白质片段的质量。
   • -database /path/to/rosetta_database/指定Rosetta数据库路径。
   • -in:file:native <scaffold.pdb>指定用作参考的模板蛋白质的PDB文件。
   • -s <design.pdb>指定设计蛋白质的PDB文件。
   • -frags list.txt指定包含片段文件名的列表文件。

6. RMSD值提取:

   /path/to/script/getfragrmsave.pl aa$109_05.200_v1_3.rms > frags09.stats
   

   • 从片段质量评估结果文件中提取RMSD值(Root Mean Square Deviation，均方根偏差)，并将结果保存到frags09.stats文件中。
   • aa$109_05.200_v1_3.rms 应该是指一个具体的片段质量评估结果文件。

总结:

这段代码展示了如何使用Rosetta进行蛋白质设计，并通过生成和评估蛋白质片段来优化设计过程。 通过分析片段质量，可以选择最优的片段用于后续的蛋白质结构预测和设计。