Rosetta 蛋白质设计软件：EnzRepackMinimize 命令详解

参数说明：

• EnzRepackMinimize：表示进行酶重构和最小化。
• name：指定蛋白质的名称，此处为 'desmin'。
• design：表示进行设计，值为 1 表示开启设计。
• repack_only：表示只进行重构，值为 0 表示不只进行重构，也进行设计。
• scorefxn_minimize：指定最小化得分函数，此处为 'myscore'。
• scorefxn_repack：指定重构得分函数，此处为 'soft_rep'。
• minimize_rb：表示进行旋转键最小化，值为 1 表示开启旋转键最小化。
• minimize_sc：表示进行侧链最小化，值为 1 表示开启侧链最小化。
• minimize_bb：表示进行主链最小化，值为 0 表示不进行主链最小化。
• cycles：表示进行的循环次数，此处为 3。
• minimize_lig：表示进行配体最小化，值为 1 表示开启配体最小化。
• min_in_stages：表示进行分步最小化，值为 0 表示不进行分步最小化。
• backrub：表示进行后向旋转，值为 0 表示不进行后向旋转。
• task_operations：表示任务操作，此处包括：
  • edto: 表示进行残基的去除和插入。
  • limchi2: 表示限制侧链二面角。
  • ddg: 表示计算蛋白质的ΔΔG值。
  • up: 表示进行氨基酸的替换。
  • init: 表示进行初始设计。
  • catres: 表示进行氨基酸残基的连接。

该命令指示 Rosetta 软件对名为 'desmin' 的蛋白质进行设计和重构，同时进行旋转键、侧链和配体最小化。最小化得分函数为 'myscore'，重构得分函数为 'soft_rep'。该命令还包含了其他参数设置，例如循环次数、任务操作等。