Rosetta 蛋白质设计软件命令解析：EnzRepackMinimize 参数详解

这是一个 Rosetta 蛋白质设计软件的命令，用于进行酶的重构和最小化，不仅重新排列氨基酸，还进行设计。使用的评分函数是'myscore'，同时进行旋转键和侧链的最小化，并且只进行 1 个循环。任务操作包括'edto_aro'（将环氨基酸转化为芳香族氨基酸）、'limchi2'（限制侧链二面角）和'catres'（将催化残基标记为活性）。

命令参数解析：

• EnzRepackMinimize name=fin_min repack_only=0 design=0
  • name=fin_min：将此命令的结果命名为 'fin_min'。
  • repack_only=0：表示不仅进行氨基酸重新排列（重包装），还需要进行设计。
  • design=0：表示进行设计操作。
• scorefxn_minimize=myscore scorefxn_repack=myscore：表示最小化和重新排列时使用的评分函数都为 'myscore'。
• minimize_rb=1 minimize_sc=1 minimize_bb=1 cycles=1：表示进行旋转键 (rb)、侧链 (sc) 和主链 (bb) 的最小化，并且只进行 1 个循环。
• task_operations=edto_aro,limchi2,catres：表示执行的任务操作包括：
  • edto_aro：将环氨基酸转化为芳香族氨基酸。
  • limchi2：限制侧链二面角。
  • catres：将催化残基标记为活性。

总结：

该命令使用 'myscore' 评分函数对酶进行重构和最小化，并执行一系列任务操作，例如将环氨基酸转化为芳香族氨基酸，限制侧链二面角，标记催化残基等。最终结果被命名为 'fin_min'。