Rosetta 蛋白质设计软件中的约束条件添加和优化命令

这是 Rosetta 蛋白质设计软件中的两个命令：

1. ：这个命令用于添加新的约束条件（constraints）到蛋白质设计中。约束条件可以限制某些氨基酸残基之间的距离或角度等，以帮助优化蛋白质的构象和稳定性。

2. ：这个命令用于进行酶催化的重打包和最小化（enzymatic repacking and minimization），以优化蛋白质的构象和稳定性。其中，cst_opt='1' 表示使用约束条件优化，minimize_rb='1' 表示优化侧链的构象，minimize_sc='1' 表示优化主链的构象，minimize_bb='0' 表示不优化背景的构象，cycles='1' 表示进行一轮优化，min_in_stages='0' 表示不分阶段进行优化，minimize_lig='1' 表示优化配体（如果有）。