Rosetta蛋白质设计软件EnzScore命令详解：计算原子接触能

Rosetta蛋白质设计软件中EnzScore命令详解：计算原子接触能

在Rosetta蛋白质设计软件中，EnzScore命令用于计算和输出指定的能量项。本文将详细解析以下EnzScore命令，并解释其含义：

<EnzScore name='allcst' score_type=cstE scorefxn=myscore whole_pose=1 energy_cutoff=10/>

参数解析：

• name='allcst': 指定该能量项的名称为'allcst'。
• score_type=cstE: 指定将该能量项的计算结果输出为'cstE'类型的能量值，表示所有原子间的接触能。
• scorefxn=myscore: 指定使用名为'myscore'的自定义评分函数来计算能量值。
• whole_pose=1: 指定对整个蛋白质进行评分，而不是仅仅针对某些残基或原子。
• energy_cutoff=10: 设置能量截断值为10，意味着只有能量值小于10的构象才会被输出。

总结：

该EnzScore命令指定了一个名为'allcst'的能量项，它使用自定义的评分函数'myscore'计算所有原子间的接触能，并将结果作为'cstE'能量值输出。该命令作用于整个蛋白质，并且只输出能量值小于10的构象。

实际应用：

该命令可以用于筛选具有特定接触能的蛋白质构象，例如，筛选具有较低接触能的构象，因为这些构象可能更加稳定。