Rosetta 蛋白质设计软件 FastRelax 协议文件 (fastrelax.xml) 写法指南

FastRelax 协议文件是 Rosetta 蛋白质设计软件中用于控制 FastRelax 算法的配置文件。以下是一个简单的 FastRelax 协议文件示例：

<ROSETTASCRIPTS>
    <SCOREFXNS>
        <ScoreFunction name='sfxn' weights='ref2015.wts'/>
    </SCOREFXNS>
    <RESIDUE_SELECTORS>
        <ResidueSelector name='all' selector='true'/>
    </RESIDUE_SELECTORS>
    <TASKOPERATIONS>
        <TaskOperation name='design' designable='true'>
            <ResidueSelector selector='all'/>
        </TaskOperation>
    </TASKOPERATIONS>
    <FILTERS>
        <Filter name='score' filter_type='ScoreType' scorefxn='sfxn' threshold='-10'/>
    </FILTERS>
    <MOVERS>
        <FastRelax name='fastrelax' scorefxn='sfxn' task_operations='design' repeats='5'/>
    </MOVERS>
    <PROTOCOLS>
        <Add mover_name='fastrelax'/>
        <Add filter_name='score'/>
    </PROTOCOLS>
</ROSETTASCRIPTS>

该协议文件定义了一个名为 'fastrelax' 的 FastRelax 操作，使用 'ref2015.wts' 作为评分函数，对所有氨基酸进行设计，并重复执行 5 次。该操作被添加到协议中，同时使用 'score' 过滤器对结果进行评分。

在编写 FastRelax 协议文件时，需要定义评分函数、氨基酸选择器、任务操作、过滤器、FastRelax 操作和协议。可以根据实际需求进行调整和修改。