Rosetta 蛋白质设计：命令行详解及参数解析

Rosetta 蛋白质设计：命令行详解及参数解析

本篇解析 Rosetta 蛋白质设计软件中用于设计蛋白质-配体相互作用界面的命令行指令：

~/rosetta/bin/rosetta_scripts.static.linuxiccrelease -nstruct 1 -jd2:ntrials 1 -parser:protocol <RosettaScripts_protocol.xml> --database <rosetta_database_path> -out::overwrite -s <input.pdb> @ligdes.flags

@ligdes.flags:
-run::preserve_header -enzdes::minimize_ligand_torsions 5.0 -enzdes::detect_design_interface -enzdes::cut1 6.0 -enzdes::cut2 8.0 -enzdes::cut3 10.0 -enzdes::cut4 12.0 -enzdes::bb_min_allowed_dev 0.05 -score:weights ~/rosetta_database/scoring/weights/enzdes.wts -packing::use_input_sc -packing::extrachi_cutoff 1 -packing::ex1 -packing::ex2 -linmem_ig 10 -no_optH false -in:file::pssm scaffold.fasta.pssm -extra_res_fa <DIG.params> 

命令解析

基础命令：

• ~/rosetta/bin/rosetta_scripts.static.linuxiccrelease: RosettaScripts 可执行文件路径。
• -nstruct 1: 生成 1 个构象。
• -jd2:ntrials 1: 进行 1 次设计尝试。
• -parser:protocol <RosettaScripts_protocol.xml>: 使用 RosettaScripts 协议文件进行设计。
• --database <rosetta_database_path>: Rosetta 数据库路径。
• -out::overwrite: 覆盖已有输出文件。
• -s <input.pdb>: 输入 PDB 文件。
• @ligdes.flags: 使用 ligdes.flags 文件中的选项。

ligdes.flags 文件选项：

• -run::preserve_header: 保留输入文件头。
• -enzdes::minimize_ligand_torsions 5.0: 最小化配体的扭转角度，权重为 5.0。
• -enzdes::detect_design_interface: 检测设计界面。
• -enzdes::cut1 6.0, -enzdes::cut2 8.0, -enzdes::cut3 10.0, -enzdes::cut4 12.0: 定义设计界面的四个环的距离阈值。
• -enzdes::bb_min_allowed_dev 0.05: 最小化蛋白质主链的最小允许偏差。
• -score:weights ~/rosetta_database/scoring/weights/enzdes.wts: 使用 enzdes.wts 作为打分函数的权重。
• -packing::use_input_sc: 使用输入文件中的侧链构象。
• -packing::extrachi_cutoff 1: 允许新引入的氨基酸具有一个额外的侧链构象。
• -packing::ex1, -packing::ex2: 使用 Rosetta 的两种不同的侧链构象库。
• -linmem_ig 10: 使用 10GB 内存。
• -no_optH false: 对氢原子进行优化。
• -in:file::pssm scaffold.fasta.pssm: 使用 scaffold.fasta.pssm 文件中的信息。
• -extra_res_fa <DIG.params>: 使用 DIG.params 文件中的额外氨基酸参数。

总结

该命令行指令用于利用 RosettaScripts 协议文件设计蛋白质-配体相互作用界面。通过调整参数设置，可以控制设计过程中的各个方面，例如构象生成数量、设计尝试次数、打分函数权重等。