Rosetta 蛋白质设计软件命令行参数详解

这是一组Rosetta蛋白质设计软件的命令行参数，它们指定了在进行蛋白质设计时需要使用的特定选项和参数。以下是每个参数的简要说明：

-enzdes: 使用酶设计模式进行蛋白质设计。

-cst_predock: 在设计之前使用约束进行预测。

-cst_design: 在设计期间使用约束。

-detect_design_interface: 检测设计界面。

-cut1 0.0: 第一层截断半径。

-cut2 0.0: 第二层截断半径。

-cut3 8.0: 第三层截断半径。

-cut4 10.0: 第四层截断半径。

-cst_min: 在设计之后使用约束进行最小化。

-chi_min: 在设计之后使用最小化修正侧链构象。

-bb_min: 在设计之后使用最小化修正主链构象。

-packing::use_input_sc: 使用输入侧链构象进行打包。

-packing::soft_rep_design: 使用软碰撞打包。

-extrachi_cutoff 1: 允许额外的氨基酸旋转。

-design_min_cycles 3: 进行设计最小化的循环次数。

-ex1:level 4: 使用ex1级别的侧链构象库。

-ex2:level 4: 使用ex2级别的侧链构象库。

-ex1aro:level 4: 使用ex1aro级别的芳香族氨基酸侧链构象库。

-ex2aro:level 4: 使用ex2aro级别的芳香族氨基酸侧链构象库。