Rosetta 蛋白质设计软件命令行参数详解

这是一条Rosetta蛋白质设计软件的命令行，其中包含了多个参数和选项，用于指定蛋白质设计的具体策略和流程。具体意义如下：

• enzdes：使用酶设计模块进行蛋白质设计。
• -cst_predock：使用预测的限制条件进行蛋白质设计。
• -cst_design：在设计中使用限制条件。
• -detect_design_interface：检测设计界面。
• -cut1、-cut2、-cut3、-cut4：定义不同距离范围内的氨基酸残基限制条件。
• -cst_min：在最小化过程中使用限制条件。
• -chi_min、-bb_min：在最小化过程中优化侧链和主链。
• -packing:use_input_sc：使用输入结构的侧链构象进行打包。
• -packing:soft_rep_design：使用软排斥设计策略。
• -extrachi_cutoff：定义额外的旋转角度限制。
• -design_min_cycles：进行几轮设计最小化循环。
• –ex1:level、–ex2:level、–ex1aro:level、–ex2aro:level：定义侧链自由度的不同级别。
• –resfile：定义残基文件。
• –no_optH false：优化氢原子。
• –no_his_his_pairE：不考虑组氨酸间的氢键能量。
• -flip_HNQ：翻转氨基酸的氢原子。
• -ignore_unrecognized_res：忽略未识别的残基。