Rosetta 蛋白质设计软件：自动应用命令到所有未指定残基

这段话指的是在 Rosetta 蛋白质设计软件中，如果没有指定特定氨基酸残基，那么默认会应用到所有氨基酸残基。

'AUTO' 和 'Use the default behaviour start' 命令指示软件默认应用命令到所有残基。在开始命令后，您需要指定残基的编号和所在的链，并应用相应的命令。例如：

Residue_Number Chain_in_Protein Command applied

通过这种方式，您可以精确控制哪些残基受到命令的影响。