蛋白质设计 Rosetta 脚本解析:优化紧密度、侧链得分、氢键和自由能
这段脚本是针对蛋白质设计的,其中包含了一些要求和输出指令:
- req packstat value > 0.58:要求设计的蛋白质分子的紧密度 (packstat) 值大于 0.58。
- req sc_value value > 0.48:要求设计的蛋白质分子的侧链得分 (sc_value) 值大于 0.48。
- req delta_unsatHbonds value < 17.88:要求设计的蛋白质分子的不饱和氢键数 (delta_unsatHbonds) 值小于 17.88。
- req dG_separated/dSASAx100 value < -1.53:要求设计的蛋白质分子的自由能 (dG_separated) 与溶剂可及表面积 (SASA) 的比值小于 -1.53。
- output sortmin dG_separated:输出设计的蛋白质分子的自由能 (dG_separated) 的最小值。
总体来说,这段脚本是要求设计的蛋白质分子在满足一定的物理化学要求的前提下,使自由能最小化。
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