HKU2病毒M基因密码子分析：有效密码子数及AGT密码子相对频率

已知HKU2病毒M基因的完整序列如下： ATGAGTTCTAATTCTACTGAGTCGGTCCCTGTGACCGAAGTTTTAGAACATCTTAGGAAC TGGAACTTCAGTTGGAATATTATACTGACAGTATTCATTGCAGTGCTTCAATATGGTAAT ATGAAGTACAGTTTCTTCCTCTATGGAGTTAAGATGTTGATCATGTGGCTTTTATGGCCC TTAGTCATTGCTTTGAGCATTTTTAATGCCTATGCTGACTTTGGTGTCAATTGGTGGTTC TTCTCCTTCAGCATTCTGATGCTTGTCATAACGCTAGTTCTCTGGCTTATGTACATAATT AATAGTTTTAAGCTTTATCGCAGAACGCGAACGTTTTGGGCATTTAACCCCGAAACAGAC GCCATTGCTGTCATTTCAGTCTTTGGTAGGTCCTACTCGATACCTATGCCAGTGGCACCA ACAGGTATTACTCTGACGATCTTAAGTGGAACACTCTTTTTCGATGGCATCAGAATTGCT ACTGGTGTGCAGCCTGCACACTTACCGCAATTTGTGACTGTCGCCAAACCTGGCACGACT ATAATTTATACTCGTGCGGGGCGTTCCCTTAATGCAAGCACCAACACTGGTTGGGCTTTT TATGTCAGAAGTAAGCATGGTGACTATTCTGCTTTATCAAATAGTAGTGATAACTTGACA GAAAATGACAGATTGCTGCATTTAGTCTAA 1）求出该基因中的有效密码子数 2）求密码子AGT 使用的相对频率（编码相同氨基酸的密码子还有AGC、TCG、TCA、TCC、TCT）

1）有效密码子数为：107个。 2）AGT密码子在编码丝氨酸时的相对频率为：0.256（共有5个编码丝氨酸的密码子，AGT、AGC、TCG、TCA、TCC，其中AGT出现的次数为11次，共出现43次，因此相对频率为11/43≈0.256）。