在配体结合过程中,一些水分子会被排斥出去,而另一些水分子则保持在与其在天然酶中的位置相似的位置上。被埋藏的水分子可能有多种作用,包括作为润滑剂,使得形成峡谷壁的环状结构能够进行大幅度的波动。这种波动是为了促进底物、产物和水分子在活性位点之间的交换。由于它们的配位能力较差,峡谷中的水分子可以被认为是与大量水分子相比更容易被底物排斥出去的。峡谷水分子的相对松散排列留下了许多小的空隙,而底物和抑制剂更有效地填充这些空隙可能是配体结合的一个主要驱动力。

pon ligand binding distinct groups of these water molecules are displaced whereas the others remain in positions similar to those that they occupy in the native enzyme Possible roles of the buried wat

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