第一步 – 准备目录簇分析过程会创建大量文件 即轨迹中每一帧的pdb文件 因此 我们不想让这么多文件 污染 我们的工作目录 所以我们要创建一些子目录来进行这个过程mkdir clusteringcd clusteringmkdir PDBfit第二步 – 用ptraj 从轨迹中提取RMSDd PDBstrajin equil_1-10binpos#-- put all the pdb frames
trajin ../equil_1-10.binpos trajout PDBfit/trp.pdb pdb
rms first mass :2-20@CA,C,N
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