根据给定的accession号使用c++的boost库的asio从ncbi高速下载对应的fastq文件
下面是一个使用C++的Boost库和Asio从NCBI高速下载FASTQ文件的示例代码:
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <boost/asio.hpp>
using boost::asio::ip::tcp;
void download_fastq(const std::string& accession) {
boost::asio::io_context io_context;
tcp::resolver resolver(io_context);
tcp::socket socket(io_context);
// 解析NCBI服务器的地址和端口
tcp::resolver::results_type endpoints = resolver.resolve("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", "ftp");
// 连接到NCBI服务器
boost::asio::connect(socket, endpoints);
// 发送下载请求
std::string request = "RETR /sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/" + accession.substr(0, 3) + "/" + accession + "/" + accession + ".fastq.gz\r\n";
socket.send(boost::asio::buffer(request));
// 创建本地文件
std::ofstream outfile(accession + ".fastq.gz", std::ios::binary);
// 接收并写入数据
std::array<char, 8192> buffer;
boost::system::error_code error;
while (socket.read_some(boost::asio::buffer(buffer), error)) {
outfile.write(buffer.data(), buffer.size());
}
// 关闭socket和文件
socket.close();
outfile.close();
if (error != boost::asio::error::eof) {
throw boost::system::system_error(error);
}
}
int main() {
std::string accession = "SRR000001"; // 输入你想要下载的accession号码
try {
download_fastq(accession);
std::cout << "FASTQ文件下载完成" << std::endl;
} catch (std::exception& e) {
std::cerr << "下载失败: " << e.what() << std::endl;
}
return 0;
}
请确保已经安装了Boost库,并在编译时链接了相关的库文件。此代码将下载指定accession号对应的FASTQ文件,并将其保存在当前目录下,文件名为accession号加上".fastq.gz"后缀
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