mutateflags-use_input_sc-extrachi_cutoff 5-ignore_unrecognized_res-chemicalexclude_patches LowerDNA UpperDNA Cterm_amidation SpecialRotamer VirtualBB ShoveBBVirtualDNAPhosphate VirtualNTerm CTermConne

这是一个用于运行Rosetta的mutate脚本的命令。下面是对命令中各个参数的解释：

-use_input_sc：使用输入结构中的侧链构象。

-extrachi_cutoff 5：在进行突变时，允许额外的氨基酸构象的数量。

-ignore_unrecognized_res：忽略未识别的氨基酸残基。

-chemical:exclude_patches：排除特定的氨基酸修饰类型。

-lowercaseDNA、uppercaseDNA、Cterm_amidation、SpecialRotamer、VirtualBB、ShoveBB、VirtualDNAPhosphate、VirtualNTerm、CTermConnect、sc_orbitals、pro_hydroxylated_case1、pro_hydroxylated_case2、ser_phosphorylated、thr_phosphorylated、tyr_phosphorylated、tyr_sulfated、lys_dimethylated、lys_monomethylated、lys_trimethylated、lys_acetylated、glu_carboxylated、cys_acetylated、tyr_diiodinated、N_acetylated、C_methylamidated、MethylatedProteinCterm。

-linmem_ig 10：使用10GB的线性内存。

-ignore_zero_occupancy false：不忽略占据率为零的原子。

-s # path to structure file：指定输入的蛋白质结构文件路径。

-parser:protocol mutate.xml：指定Rosetta脚本的路径和名称。

-parser:script_vars res_to_fix=：指定需要修复的氨基酸位置，多个位置之间用逗号分隔。

-parser:script_vars cst_full_path=：指定包含CA原子的Rosetta CST文件的路径。

-parser:script_vars all_ress=：指定所有可能的库位点，多个位置之间用逗号分隔。

这个命令的作用是使用Rosetta进行蛋白质的突变，并生成新的构象。