请提供下R语言火山图的代码
下面是一个简单的R语言火山图的代码示例:
# 导入必要的包
library(ggplot2)
# 创建一个示例数据框
data <- data.frame(
logFC = c(-2.5, 1.8, -0.7, 3.2, 0.5),
pvalue = c(0.001, 0.05, 0.01, 0.0001, 0.1),
gene = c("Gene1", "Gene2", "Gene3", "Gene4", "Gene5")
)
# 绘制火山图
ggplot(data, aes(x = logFC, y = -log10(pvalue))) +
geom_point(size = 2, color = "red") +
geom_hline(yintercept = -log10(0.05), linetype = "dashed", color = "blue") +
geom_vline(xintercept = c(-1, 1), linetype = "dashed", color = "blue") +
labs(x = "log2 Fold Change", y = "-log10 p-value", title = "Volcano Plot") +
theme_bw()
这段代码使用ggplot2包绘制了一个简单的火山图。示例数据框data包含了基因表达差异的对数折叠变化(logFC)和p值。火山图中,横轴表示基因的对数折叠变化,纵轴表示-p值的对数。红色的点表示具有显著差异的基因,蓝色的虚线表示显著性阈值。
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