data_normdescription The program data_norm normalizes the gene expression datausage data_norm -i input_file -o output_file -m normalization_methodoptions -i --input input file -o --output output f
data_norm是一个用于标准化基因表达数据的程序。它接受一个输入文件,将其标准化后输出到一个输出文件中。用户可以选择不同的标准化方法,包括upqt、median、deseq、tmm和hkg。其中,hkg方法还需要提供一个参考的housekeeping基因列表。
该程序的用法如下:
data_norm -i 输入文件 -o 输出文件 -m 标准化方法
可用的选项包括:
-i --input <输入文件>:指定输入文件的路径 -o --output <输出文件>:指定输出文件的路径 -m --method <标准化方法>:选择标准化方法,可选值为upqt、median、deseq、tmm和hkg(默认为upqt) -g --gene <housekeeping基因列表>:只在使用hkg方法时需要,指定参考的housekeeping基因列表 -v --version:显示GCEN版本信息 -h --help:打印帮助信息
示例用法:
data_norm -i ../sample_data/gene_expr.tsv -o ../sample_data/gene_expr_norm.tsv -m tm
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