常用的基于linux的生物信息学分析软件有哪些？可以进行序列比对、进行序列相似度计算排名的软件？

常用的基于Linux的生物信息学分析软件包括：

1. BLAST：用于进行序列比对和相似性搜索的软件包，可以快速比对DNA、RNA和蛋白质序列。

2. ClustalW：用于多序列比对的软件包，可以比对DNA、RNA和蛋白质序列，生成多序列比对结果。

3. MUSCLE：用于多序列比对的软件包，可以比对DNA、RNA和蛋白质序列，生成高质量的多序列比对结果。

4. MAFFT：用于多序列比对的软件包，可以比对DNA、RNA和蛋白质序列，支持大规模数据集的高效比对。

5. HMMER：用于进行隐马尔可夫模型（HMM）比对的软件包，可以比对蛋白质序列，用于寻找蛋白质家族和域。

6. FASTA：用于进行序列比对和相似性搜索的软件包，可以比对DNA、RNA和蛋白质序列。

7. EMBOSS：开源的生物信息学软件包，包含了多种工具和库，可以进行序列比对、序列分析和结构预测等。

8. CD-HIT：用于进行序列聚类和相似性搜索的软件包，可以快速聚类大规模序列数据，用于去冗余和寻找同源序列。

以上软件都可以进行序列比对和相似度计算排名的功能，具体选择哪个软件取决于具体的分析需求和数据规模。