在R语言中：libraryHmiscG - readcsv属水平综合csvrownames = 1G - tGG - asdataframeGFun - readcsvCGDcsvrownames = 1Fun - tFunFun - asdataframeFun# 计算相关性G_Fun_corr - rcorrasmatrixGasmatrixFuntype=spearman# 相关系数r和显著

在计算相关系数r时，需要将物种和基因的数据分别传入rcorr()函数，而不是将整个数据框传入。修改如下：

G_Fun_corr <- rcorr(as.matrix(G), as.matrix(Fun), type = "spearman")

接着，在筛选相关系数r时，需要使用colnames()函数来选择相应的物种和基因。修改如下：

r <- r[colnames(G), colnames(Fun)]

最后，创建对称矩阵时，只需要将相关系数r乘以P值的矩阵z与全零矩阵进行相加即可。修改如下：

z1 <- z + matrix(0, ncol = ncol(z), nrow = nrow(z))

这样修改后，z1数据框中只会保留物种与基因的相关性。