phyloseq移除样品和为零

要从phyloseq对象中删除样本，可以使用subset_samples()函数，例如：

# 创建一个phyloseq对象
library(phyloseq)
data(GlobalPatterns)
ps <- prune_taxa(taxa_sums(GlobalPatterns) > 0, GlobalPatterns)

# 选择要删除的样本名称
remove_samples <- c("PC.354", "PC.355")

# 从phyloseq对象中删除样本
ps_sub <- subset_samples(ps, !sample_names(ps) %in% remove_samples)

要从phyloseq对象中删除零值，可以使用transform_sample_counts()函数，例如：

# 创建一个phyloseq对象
library(phyloseq)
data(GlobalPatterns)
ps <- prune_taxa(taxa_sums(GlobalPatterns) > 0, GlobalPatterns)

# 从phyloseq对象中删除零值
ps_no_zero <- transform_sample_counts(ps, function(x) x / sum(x) > 0)
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