r语言中使用biomod2计算m_maxent模型的varimp
要使用biomod2计算m_maxent模型的var.imp,可以按照以下步骤进行操作:
- 载入biomod2包和相应的数据
library(biomod2)
data(PresenceAbsence)
data(EnvVariables)
- 准备环境变量数据和物种分布数据
myBiomodData <- BIOMOD_FormatingData(resp.var=PresenceAbsence,
expl.var=EnvVariables,
resp.xy=NULL,
resp.name='MySpecies',
resp.var.leve='PresAbs',
PA.nb.rep=5,
PA.nb.absences=1000,
PA.strategy='random',
PA.dist.min='proportional')
- 划分训练集和测试集
myBiomodData <- BIOMOD_RandomSelection(data=myBiomodData, SelectedProp=0.8)
- 运行m_maxent模型
myMaxentModel <- BIOMOD_Modeling(myBiomodData,
models='m_maxent',
do.full.models=T,
models.options=list(maxent.args=list(remove_duplicates=F)))
- 计算变量重要性
myVarImp <- BIOMOD_VarImp(myMaxentModel, do.full.models=T)
变量重要性结果将存储在myVarImp对象中,可以使用summary()函数查看结果摘要
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