R语言中去除RNA-seq样本中低表达的基因的代码
以下是R语言中去除RNA-seq样本中低表达的基因的代码:
# 读入RNA-seq表达矩阵
expr_matrix <- read.table("expr_matrix.txt", header=T, row.names=1)
# 计算每个基因的平均表达量
gene_mean <- rowMeans(expr_matrix)
# 设置阈值,去除平均表达量低于阈值的基因
threshold <- 10
expr_matrix_filtered <- expr_matrix[gene_mean >= threshold, ]
# 输出过滤后的表达矩阵
write.table(expr_matrix_filtered, "expr_matrix_filtered.txt", quote=F, sep="\t")
注:此代码假定原始表达矩阵的行名为基因名,列名为样本名。在此基础上,计算每个基因的平均表达量,并根据设定的阈值去除低表达的基因,最终输出过滤后的表达矩阵。具体阈值的设定需要根据实际情况进行调整。
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